农业农村局专门档案必须集中统一在本单位综合档案室管理各种门类的档案管理所遵循的依据是国家关于档案工作的方针、政策、法律、法规，档案行政管理部门制定的规章、制度、规范、标准。如《中华人民共和国档案法》《档案法实施办法》《机关档案工作条例》等。我国档案工作的基本原则是实行档案的集中统一管理。专门档案是国家全部档案的一个组成部分，也是现行机关、团体、企业、事业单位档案的组成部分，必须实行统一管理。专门档案无论是会计档案、审计档案还是土地管理档案都具有整体性和成套性的特点。
从宏观上讲，各种门类的档案，必须依据档案工作共同的管理法规、标准、规范，针对不同门类档案的特殊性，把各种门类档案集中统一管理。虽然专门档案具有整体性、成套性的特点，但管理的具体方法各异。专门档案应该实行集中统一管理，这是由国家性质和社会制度决定的，应该归国家和人民所有。专门档案办理完毕必须收归本单位的综合档案室。一个单位的全部档案是一个不可分割的整体，各种专门档案属于这个整体的成分之一。对于需要长远保管的档案，在本单位保存一定年限后，应统一移交给当地有关档案馆，不得任意转移、销毁。从微观上讲，各种专门档案在本单位应该有统一的科学管理方法，其中最主要的是专门档案形成前的文件材料的积累和归档，要纳入档案综合管理程序和工作计划中，全体工作人员需要具备一定的档案意识，养成良好的工作习惯，做到处理问题有依据，处理过程有记录、有统计数据，处理结果有总结。
维护专门档案的完整与安全维护专门档案的完整与安全，对专门档案管理具有十分重要的意义。完整，是从数量的意义上讲的，就是要使专门档案收集齐全，不能残缺不全。从质量上 401 来讲，就是要保证专门档案的准确、系统，不能与客观实际相抵触，更不能任意割裂分散。安全是一定要保证专门档案的真实、可靠。改善专门档案的保管条件，实行科学管理，方可延长专门档案的使用寿命，避免不应有的损失。专门档案，特别是合同档案、诉讼档案等，若不完整、不准确、不系统，不仅影响使用，甚至有害，造成假象，引出错误结论，造成与事实不符的冤假错案，给个人、集体、国家造成不应有的损失。
