每个法院整理卷宗的方式都会有些许不同，但是大致的顺序是一致的，而民事和刑事案件，卷宗整理也基本是一样的。
整理案件、装订卷宗每个案卷都必须分正、副卷。正卷主要从本案受理开始到终结的顺序整理，般是什么起诉书，当事人及其辩护人的身份材料，以及答辩状，还有证据材料，以及委托送达函，最终的审判书，送达回证。
副卷主要内容是有关案件的案件报告、合议庭合议记录、审判委员会研究决定、作出法律文书原件(如裁定、判决书)等涉密资料，也必须按照顺序来。
扩展资料：
相关法条：
《人民法院诉讼文书立卷归档办法》：
第八条 诉讼文书材料的排列顺序，总的要求是，按照诉讼程序的客观进程形成文书的时间自然顺序进行排列。
第九条 刑事一审诉讼文书材料的排列顺序：
（1）卷宗封面；（2）卷内目录；（3）案件移送书；（4）起诉书正本；（5）起诉书附件；（6）阅卷笔录；（7）准备庭笔录；（8）送达起诉书笔录；（9）审问笔录；（10）调查笔录或调查取证材料；
（11）聘请、指定、委托辩护人的有关材料；（12）开庭前的通知、传票、提票等；（13）开庭公告；（14）审判庭审判笔录；（15）审判庭询问证人笔录；（16）辩护词、公诉词；（17）合议庭评议笔录；（18）案情报告；（19）审判委员会决议或记录；
（20）判决书或裁定书、调解书原本和正本；（21）宣判笔录；（22）判决书和裁定书等送达回证；（23）抗诉书；（24）移送上诉案件报告或上诉案件移送书；（25）上级法院退卷函；（26）上级法院判决书或裁定书正本；（27）执行通知书存根和回执（释放证回执）；（28）赃、证物移送清单和处理手续材料；（29）备考表；（30）卷底。
第十二条 民事一审诉讼文书材料的排列顺序：
（1）卷宗封面；（2）卷内目录；（3）诉状或口诉笔录；（4）立案通知书（通知缴纳诉讼费或免费手续）；（5）应诉通知书回执；（6）答辩书；（7）询问笔录；（8）调查笔录或调查取证材料；（9）调解材料和调解笔录；（10）准备庭笔录；
（11）诉讼代理人、法定代表人授权委托书、鉴定委托书，法定代表人身份证明；（12）开庭前的通知、传票等；（13）开庭公告；（14）审判庭笔录；（15）案情报告；（16）评议笔录；（17）调解书、撤诉书；（18）审判委员会决议或记录；
（19）判决书或裁定书原本和正本；（20）宣判笔录；（21）送达回证；（22）上诉书；（23）上级法院退卷函；（24）上级法院判决书、裁定书正本；（25）证物处理手续材料；（26）执行手续材料；（27）备考表；（28）卷底。
第十七条 一个案件的诉讼文书材料经过系统排列后，要逐张编号。卷宗封面、卷内目录、卷底、备考表不编页码。页码编在右上角，一律使用阿拉伯数字。字体要整齐、清楚。
第十八条 要认真登记好卷内目录。一份诉讼文书材料编一个顺序号，判决书、裁定书的原本和正本编一个顺序号。卷内目录应按卷内诉讼文书材料排列顺序逐件填写，标明起止张号，字迹要工整、清晰。
第十九条 卷宗封面所列的各个项目，都要用毛笔或钢笔逐项填写齐全，书写要工整。其中结案日期填写正式宣判日期。
第二十条 装订前要做好诉讼文书材料的检查。对破损或褪色的材料，应当进行修补和复制。装订部位过窄或有字迹的材料，要用纸加衬边。纸面过小的书写材料，要加贴衬纸。
纸张大于卷面的材料，要按卷宗大小折叠整齐。对字迹难以辨认的材料，应当附上抄件。外文材料应当译成中文附在后面。需要附卷的信封要打开平放，邮票不要起掉。材料上的全部金属物都要剔除干净。
第二十一条 一个案件的诉讼文书材料，每卷以二百张左右为宜，过多时应按形成的顺序分册订卷。
第二十二条 卷宗必须用线绳三眼至五眼装订牢固，不要漏订。长度应在十八公分左右。
第二十三条 人民法院的诉讼文书材料，要单独立卷，不要与公安机关预审卷、检察机关起诉卷混订或合订。
第二十四条 卷宗装订以后，应检查文件材料有无漏订现象，然后在卷底装订线上贴上封纸，并用承办书记员名章加盖骑缝。
参考资料：百度百科——《人民法院诉讼档案管理办法》
档案的整理我认为主要是分门别类吧，不知道你的档案是什么类型的，不过你可以，1、按照不同人员也就是归属者的不同分类；2、按照不同性质的科目内容分类；3、按照时间的先后排序分类。总有一种是可以的，希望能够帮到您。
附一：人民法院诉讼文书立卷归档办法
（1984年1月4日）
一、总 则
第一条
人民法院的诉讼文书，是国家的重要专业文书之一，它所形成的档案，是人民法院审判活动的真实记录，反映了人民法院贯彻执行党和国家的路线、方针、政策、法律、法令的情况和人民法院的基本职能，又是人民法院进行审判活动的依据和必要条件。各级人民法院必须严格按照诉讼文书立卷的要求，做好立卷归档工作。
第二条
人民法院的诉讼文书，要根据刑事、民事、经济类别，按年度、审级、一案一号的原则，单独立卷。一个案件从收案、结案到归档保管以及所有的法律文书（判决书、裁定书、调解书、批复等）和公文、函电，都使用收案时编定的案号。审级改变的案件另行编号。
第三条
各级人民法院的诉讼文书，都必须用毛笔或钢笔书写、签发，由审判庭经办案件的书记员负责整理立卷归档，归档前由案件主要承办人负责立卷质量的检查。
二、材料的收集
第四条
人民法院在收案以后，经办书记员应即开始收集有关本案的各种诉讼文书材料，着手立卷工作。在案件办结以后，要认真检查全案的文书材料是否收集齐全，发现法律手续不完备的，应及时补齐或补救，去掉与本案无关的材料，再行排列整理。
第五条
卷内诉讼文书材料，一般只保存一份（有领导同志的指示除外），重份的文书材料一律剔除。多余的判决书、裁定书、调解书，为备日后查考，可保留三份夹在已装订好的卷内。
第六条
按审判监督程序处理已转化成为审判案件的，或经审判监督处理已起重大作用（如平反、改判）的申诉，其形成的诉讼文书材料，应按审判案件的立卷标准立卷。
第七条
具有下列情况之一的刑、民申诉或人民来信，可以不立卷归档。（1）不属法院业务范围归口交办的人民来信；（2）答复来信来访人到有关法院直诉的信件或记录；（3）询问一般法律手续问题的来信来访；（4）没有参考价值的信封；（5）内容、地址不清的申诉信件；（6）确系精神病人的来信；（7）刑、民案件申诉中内容相同的重份材料。
上述各项由有关业务单位自行处理。
三、材料的排列
第八条
诉讼文书材料的排列顺序，总的要求是，按照诉讼程序的客观进程形成文书的时间自然顺序进行排列。
第九条
刑事一审诉讼文书材料的排列顺序：
（1）卷宗封面；（2）卷内目录；（3）案件移送书；（4）起诉书正本；（5）起诉书附件；（6）阅卷笔录；（7）准备庭笔录；（8）送达起诉书笔录；（9）审问笔录；（10）调查笔录或调查取证材料；（11）聘请、指定、委托辩护人的有关材料；（12）开庭前的通知、传票、提票等；（13）开庭公告；（14）审判庭审判笔录；（15）审判庭询问证人笔录；（16）辩护词、公诉词；（17）合议庭评议笔录；（18）案情报告；（19）审判委员会决议或记录；（20）判决书或裁定书、调解书原本和正本；（21）宣判笔录；（22）判决书和裁定书等送达回证；（23）抗诉书；（24）移送上诉案件报告或上诉案件移送书；（25）上级法院退卷函；（26）上级法院判决书或裁定书正本；（27）执行通知书存根和回执（释放证回执）；（28）赃、证物移送清单和处理手续材料；（29）备考表；（30）卷底。
第十条
一审刑事案件中关于死刑、死缓诉讼文书材料的排列顺序，按第九条的（1）至（22）排列后继续排列：
（1）上报死刑、死缓复核函（报告）；（2）最高人民法院、高级人民法院判决书、裁定书或批复；（3）退卷函；（4）执行死刑命令；（5）对死刑执行前验明正身笔录；（6）执行死刑笔录；（7）执行死刑布告签发稿；（8）执行死刑报告；（9）死刑案犯执行前后照片；（10）对死刑犯家属领取骨灰或尸体的通知；（11）尸体处理登记表。
第十一条
刑事二审诉讼文书材料排列顺序：
（1）卷宗封面；（2）卷内目录；（3）上诉或抗诉移送书；（4）一审法院判决书或裁定书；（5）上诉书、抗诉书；（6）答辩状；（7）一审案情综合报告；（8）阅卷笔录；（9）准备庭笔录；（10）审讯笔录；（11）调查笔录或调查取证材料；（12）开庭前的通知、传票、提票等；（13）审判庭审判笔录；（14）审判庭询问证人笔录；（15）案情综合报告；（16）合议庭评议笔录；（17）审判委员会决议或记录；（18）判决书或裁定书原本和正本；（19）宣判笔录；（20）退卷函；（21）送达回证；（22）执行通知书回执（释放证回执）；（23）备考表；（24）卷底。
第十二条
民事一审诉讼文书材料的排列顺序：
（1）卷宗封面；（2）卷内目录；（3）诉状或口诉笔录；（4）立案通知书（通知缴纳诉讼费或免费手续）；（5）应诉通知书回执；（6）答辩书；（7）询问笔录；（8）调查笔录或调查取证材料；（9）调解材料和调解笔录；（10）准备庭笔录；（11）诉讼代理人、法定代表人授权委托书、鉴定委托书，法定代表人身份证明；（12）开庭前的通知、传票等；（13）开庭公告；（14）审判庭笔录；（15）案情报告；（16）评议笔录；（17）调解书、撤诉书；（18）审判委员会决议或记录；（19）判决书或裁定书原本和正本；（20）宣判笔录；（21）送达回证；（22）上诉书；（23）上级法院退卷函；（24）上级法院判决书、裁定书正本；（25）证物处理手续材料；（26）执行手续材料；（27）备考表；（28）卷底。
第十三条
民事二审诉讼文书材料的排列顺序：
（1）卷宗封面；（2）卷内目录；（3）上诉移送书；（4）原审法院判决书、裁定书；（5）上诉书；（6）答辩状；（7）阅卷笔录；（8）询问笔录；（9）调查笔录或调查取证材料；（10）调解笔录；（11）撤诉书；（12）准备庭笔录；（13）开庭前的通知、传票等；（14）审判庭笔录；（15）案情报告；（16）评议笔录；（17）审判委员会决议或记录；（18）调解书、判决书、裁定书原本和正本；（19）宣判笔录；（20）送达回证；（21）备考表；（22）卷底。
第十四条
第九条至第十三条的规定中没有列举的诉讼文书材料，各级人民法院可以根据实际情况，按形成的顺序排列。经济合同纠纷案件、申诉案件、复核案件和加减刑案件的文书材料，可参照上述排列顺序整理。
第十五条
集团性重大刑事案件和涉及面广、具有群众性的重大民事案件，其中有共同性的问题，也有只属于个人责任的问题，案件形成的材料较多，其组卷办法，在反映全案基本面貌的基础上，属于共同性的问题立成综合卷，属于个人责任问题的分别单独建立分卷。其诉讼文书材料的排列参照一审案件的排列顺序处理。
第十六条
一个案件的诉讼文书材料是否分立成正卷、副卷，各高级人民法院可以根据本省、市、自治区法院系统实际工作的需要，自行决定。
四、立卷编目
第十七条
一个案件的诉讼文书材料经过系统排列后，要逐张编号。卷宗封面、卷内目录、卷底、备考表不编页码。页码编在右上角，一律使用阿拉伯数字。字体要整齐、清楚。
第十八条
要认真登记好卷内目录。一份诉讼文书材料编一个顺序号，判决书、裁定书的原本和正本编一个顺序号。卷内目录应按卷内诉讼文书材料排列顺序逐件填写，标明起止张号，字迹要工整、清晰。
第十九条
卷宗封面所列的各个项目，都要用毛笔或钢笔逐项填写齐全，书写要工整。其中结案日期填写正式宣判日期。
五、卷宗装订
第二十条
装订前要做好诉讼文书材料的检查。对破损或褪色的材料，应当进行修补和复制。装订部位过窄或有字迹的材料，要用纸加衬边。纸面过小的书写材料，要加贴衬纸。纸张大于卷面的材料，要按卷宗大小折叠整齐。对字迹难以辨认的材料，应当附上抄件。外文材料应当译成中文附在后面。需要附卷的信封要打开平放，邮票不要起掉。材料上的全部金属物都要剔除干净。
第二十一条
一个案件的诉讼文书材料，每卷以二百张左右为宜，过多时应按形成的顺序分册订卷。
第二十二条
卷宗必须用线绳三眼至五眼装订牢固，不要漏订。长度应在十八公分左右。
第二十三条
人民法院的诉讼文书材料，要单独立卷，不要与公安机关预审卷、检察机关起诉卷混订或合订。
第二十四条
卷宗装订以后，应检查文件材料有无漏订现象，然后在卷底装订线上贴上封纸，并用承办书记员名章加盖骑缝。
六、归 档
第二十五条
要在案件结案以后的一个季度内归档。案卷要根据《关于人民法院诉讼档案保管期限的规定》提出保管期限意见，向档案室移交，并办好交接手续。凡立卷不符合规定要求的，由有关书记员负责重新整理。
第二十六条
归档的录音带、录像带、影片等声相档案，应在每盘上注明当事人的姓名、案由、案号，承办单位、录制人、录制时间、录制内容，并按形成顺序，逐盘登记造册归档。
第二十七条
归档的证物，凡是能够附卷保存的，应装订入卷或装入证物袋，在证物袋上写明名称、数量、特征、来源。不便附卷保存的，应当另行包装，注明所属案件的年度、审级、案号、当事人姓名、案由以及证物的名称、数量、特征等，随同本案卷宗归档。易腐、易爆、易燃、有毒的证物，因不适于保存，可拍照附卷，经领导批准销毁或处理。
第二十八条
有赃、证物执行工作或民事案件当事人申请执行的卷宗，可以在执行完毕后附入原卷归档。需要长期执行的，可用原收案号立执行卷，执行完毕后，并入原卷归档保存。
第二十九条
已归档的审判卷宗，不得从卷内抽取材料。需要增添文书材料时，必须征得档案人员同意，按立卷要求办理，以保证卷宗的质量。
七、附 则
第三十条
本办法未尽事项，高级人民法院在不违反本办法的前提下，可以制定补充办法
1、档案材料的收集及整理、组卷要严格按照《人民法院诉讼文书立卷归档办法》进行。档案材料的收集要尽可能齐全、完整，尤其是基本证据材料一定收录入卷，不可缺失，组卷要严格按照统一的规定进行。 2、案卷材料的排列和卷内目录的填写。案卷材料应严格按照实际诉讼程序依次排列，主要证据在前，辅助证据在后，印件在前，底稿在后。刑事、民事、行政、再审、申诉等案卷材料的排列顺序按照最高人民法院颁布的《人民法院诉讼文书立卷归档办法》规定排列。填写卷内目录时，除卷内目录所列项目应逐一填写外，案卷内的法律文书、相关证据材料均应逐一填写清楚。 3、检察机关侦查、起诉的刑事案件，应将起诉书连同侦查卷宗（包括证物等），一并移送人民法院，经法院判决后应将判决书送检察院一份。该案卷宗由人民法院存档保管。检察院可将提起刑事案件决定书、检举被告人决定书、施行强制处分决定书、向被告人宣告侦查终结笔录、起诉意见书或不起诉决定书、法院的判决书和裁定书、检察长所提出之抗议书和上级法院的裁定书等以及侦查计划和内部有关文件与书信等材料，存档保管。 4、公安机关侦查移送检察院向法院起诉的案件，经法院判决后除将判决书送检察院并抄送公安机关外，该案卷宗仍应由法院归档保管。
任何一个有一定存在历史的机构，都有一定数量的纸质档案，将这些纸质档案数字化，有利于管理与利用。
下面，将以检察院的纸质档案数字化为例，对档案数字化处理的基本程序与方法予以介绍。
创建档案管理分类架构
检察院的综合档案管理，分类架构一般为：
文书档案、财务档案、声像档案、实物档案、基建档案、设备档案、司法鉴定档案、诉讼档案和电子档案等九大类，诉讼档案是检察院最为专业、也最为重要的档案类型。
各级检察院可根据自身管理需要，进行更详细的档案分类管理。
取卷
从库房拿取需要数字化的纸质实体案卷，取卷时注意：
准确记录所取案卷的物理存放位置。
依次拿取，不要丢卷，确保案卷的完整。
档案定义
档案定义，是3Hmis的专用术语，实际上就是确定档案的最底层分类的相关属性，或称案卷的相关属性。3Hmis可同时管理纸质档案和数字化档案，如果3Hmis已存在相关案卷信息，此步骤可省略。
关于档案定义的具体操作，前面已详细介绍，这里不再重复。
拆卷
拆卷的含义是手工拆除案卷装订，如果纸质实体案卷信息已保存在3Hmis系统中，还应执行取消注册功能，相当于在3Hmis中执行拆卷操作。
拆卷的注意事项：
保证案卷的完整，检查是否有缺页、漏页及其它错误，正、副卷标注是否正确。
保持案卷的清洁。
拆开案卷，将案卷背面的封条小心撕干净，剪开装订线。
取掉案卷中的金属物。
将卷内文件一页页分开，对单面、双面等情况进行标注，以提醒扫描人员注意。
为了方便扫描及时与扫描人员沟通。
注明每卷（包括正、副卷）的页数及其他的特殊情况。
如有疑问，应及时向档案管理员进行咨询和沟通，不得擅自违规处理。
录入卷内文件信息
一份案卷，一般都由多份性质相同或相似的文件组成，即所谓卷内文件。
如果系统中已存在卷内文件目录，不必在录入，若无，则采用新建文件的方法，录入卷内文件属性信息。
扫描
对已录入相关属性的卷内文件进行扫描，并将扫描结果文件引入（上传）档案系统。
3Hmis的图片管理器内嵌扫描处理程序，可在录入卷内文件信息的同时直接调用扫描模块进行扫描（支持高速扫描仪），用户亦可使用其它扫描程序扫描文件（但使用3Hmis提供的图片管理器更为简单方便），然后，再通过引入功能将扫描文件引入档案系统，3Hmis还提供了专门的批量引入工具。
如果检察院有更严格的数字化档案安全管理要求，并有专门用于归档的电子印章，可在扫描文件上加盖归档专用的电子印章。
扫描时的注意事项如下：
根据需要设置扫描文件的格式和分辨率，3Hmis可对各种常用格式的数字化文件进行管理。
对于封面、内页、手写诉状或是发票等各类不同证据材料，需用不同的比例或扫描方法进行扫描。
根据规则设置扫描文件的存放位置和扫描结果文件的文件名（采用3Hmis图片管理器扫描时，将自动上传，股不需要存放在客户端）。
将扫描页数和拆卷人所注明的页数核对，确保不重扫、漏扫、多扫，同时保证案卷的清晰度，对扫描结果不佳的页面进行专门处理。
法律分析： 为加强人民法院诉讼档案的管理，根据《中华人民共和国档案法》《中华人民共和国档案法实施办法》和《人民法院档案工作规定》等有关规定，结合人民法院诉讼档案的特点，制定本办法。
法律依据：《人民法院诉讼档案管理办法》
第二条 诉讼档案是国家重要的专门档案之一，是人民法院审判活动的真实记录，是对国家和社会具有保存价值的历史记载，是人民法院进行审判工作的重要依据和必要条件。
第三条 人民法院审判业务部门负责诉讼文书材料的收集、整理和立卷归档工作。
第四条 人民法院档案机构负责监督和指导本院各审判业务部门诉讼文书材料的收集、整理和立卷归档及诉讼档案的接收、保管和提供利用工作。
