法律分析：1、合同应交由企业档案管理部门进行归档，档案管理一般为法务部门或行政部门。为保稳妥，建议企业每个合同至少应留存两份原件，并分别放置两个地方独立留存。2、合同登记的项目应由企业的业务部门与归档部门一同汇总，共同完成登记工作。有些企业仅登记合同中的收、付款信息，这是远远不够的，登记应至少包括对方主体信息、主要项目内容、本企业合同负责人、对方合同负责人、主要权利义务履行期限、付款节点、收款节点、涉及资产购买的还应进行资产登记。3、合同归档之前进行扫描，留存合同电子版，做到纸质文件与电子文件的统一。日后非必须使用原件时，查询电子版本即可。4、建立客户档案信息。通过签署合同得知的客户信息进行汇总，方便日后查询。汇总的信息应包括客户主体信息、联系方式、业务成交过程中的重点注意事项等，为日后客户回访及老客户维护提供信息支持。5、建立客户评价系统。每签署一份并执行完毕的合同，请客户对本企业进行评价，以收集自身企业在合作过程中的不足，并进行对应的完善改进工作。6、定期对合同进行汇总、整理，从不同的角度对合同进行分类、分析。
法律依据：《中华人民共和国民法典》
第四百六十四条 合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。婚姻、收养、监护等有关身份关系的协议，适用有关该身份关系的法律规定;没有规定的，可以根据其性质参照适用本编规定。
第四百六十五条 依法成立的合同，受法律保护。依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力，但是法律另有规定的除外。
《中华人民共和国档案法》
第四条 档案工作实行统一领导、分级管理的原则，维护档案完整与安全，便于社会各方面的利用。
第九条 机关、团体、企业事业单位和其他组织应当确定档案机构或者档案工作人员负责管理本单位的档案，并对所属单位的档案工作实行监督和指导。中央国家机关根据档案管理需要，在职责范围内指导本系统的档案业务工作。
一、合同、协议档案是一个单位全部档案的重要组成部分，它是企事业单位对外进行经营活动、对内进行人事管理的有效凭证，在维护企事业单位合法权益方面发挥着不可替代的重要作用
(一)合同协议档案反映了企事业单位对外经营活动的情况，是处理经济纠纷、切实维护自身合法权益的有效凭证。合同、协议档案在我校的经营管理工作中发挥了重要作用，例如：2001年学校对外承包食堂，在承包期未满时，承包方就以利润微薄等理由要求退出，我校根据承包协议合法的没收了承包方交纳的押金，保证了校方的利益。又如：2003年我校建设教学楼，8月份与某工程队签订了《建筑施工合同》，合同中双方商定了钢材的价格，到了年底全国钢材价格猛涨，工程队向我校提出要给予钢材价格补贴的要求，并以停工相威胁;我校根据合同据理力争，最终工程队只好按照合同的规定继续施工并如期完成了教学楼建设。
(二)合同、协议档案也是处理人事问题的依据。反映企事业单位与员工聘用情况的合同、协议档案是人事档案的重要组成部分，是单位与被聘用者之间对考核标准、聘用时间、聘用待遇的事先约定,具有法律效力。前些年企事业单位内部往往是正式员工、招聘人员、内退人员、停薪留职人员、待岗人员、临时工等多种身份的人员并存，现在我国加大了企事业单位人事制度改革，各单位在处理停薪留职、待岗、内退人员的问题时，就必须以合同、协议档案作为参考依据;在实施全员聘任工作时，就更要注重做好合同、协议的归档工作。
二、影响合同、协议归档的主要因素
(一)从业人员法律意识淡保1999年我国制定并颁布了全国统一的《合同法》，合同、协议成为了具有法律效力的有效凭证。可是有些职工不学法、不懂法、更不会用法，不懂得在市场经济下合同所具有的法律效力，不了解市场与合同的必然联系和相互依存的关系，只顾到市场承揽业务，却不去签订合同或草签合同或签了合同也不及时归档，结果遇到纠纷就没有协商与调解的依据，或者依据不足，只好“哑巴吃黄连，有苦说不出”。
(二)从业人员对归档合同和合同管理相互依存的关系缺乏认识。合同管理是合同洽谈、草拟、签订、履行、变更、中止、终止以或解除全过程的管理。合同产生在合同管理的前期阶段，在开始履行合同后，从业人员往往以为合同、协议的作用就到此为止了，忽视了合同、协议的归档工作;可是合同管理的问题大多数产生在中期和后期履行阶段，如果在履行阶段出现质量问题、经济纠纷，企业就无法利用归档合同来维护自身的合法权益。
(三)企事业单位合同归档管理制度不够完善，部分合同、协议仍处于分散状态。随着市场经济的发展和人事制度改革的推进，各企事业单位产生的合同、协议越来越多，在人们的法律意识、档案意识还不够稳固的现状下，缺乏对合同归档程序的明确规定，个别职能部门为了工作方便，签订的合同往往不顾及单位存档需要，将合同自行保管，造成分散管理。
(四)合同归档管理的信息化程度不高。很多单位签订的是纸质合同，合同归档后仍然以传统的纸质档案形式存在，没有按照现代化管理理念、应用先进的合同归档管理软件把合同以电子文件的形式归档管理。
如何进行合同档案管理
合同的相应负责人应了解正常的合同程序，规范合同的形式，必须起到合同材料搜集的齐全并保管和移交给档案部门，从合同的特点可以清楚地知道，合同必须有全面的关联材料，不可随意拟定，应该按照标准的合同规范走，这样可以减少企业与相关主体的纠纷情况。档案部门也要随时进行合同档案的整理与归纳，确保合同的完整性。公司要制定相关的规定，每年在规定时间内进行合同的审查以避免可能发生的情况。
企业正常的档案管理，是将其分散到档案管理的两大类型当中，因此我们应该进行改革与创新，根据每一个企业的不同特点进行合同分类管理，其中包括在每一个档案分类中对合同进行单独分类，建立单独的归档处理，打破以往过于分散的合同归档，也可以按照《合同法》合同种类的相关规定进行合同归档管理，这样档案就清楚明确了。
各个部门的相关负责人对合同必须重视起来，建立合同确立意识。档案管理人员也必须要有严谨的工作态度，认知到合同是公司企业发展关键，也是企业发展的记录者。其应该对合同进行精细规划，可以对合同进行统一的编号处理，每一份合同都有自己唯一的标号，方便查找与保管。
上一年的应收账款，先制作电子文档，再打印，然后与相关采购销售合同资料一起装订成册。
1.技术服务合同编号方法：
1.1一级编码：根据项目名称分类，一级编号代码由二到四个大写字母表示，大写字母是项目名称汉字拼音的第一个声母。重大合同编号应由综合管理部对项目简称代码进行明确规定，并发布给各部门予以执行。
1.2二级编码：根据部门名称分类。根据部门名称分为“综合”、“人力”、“规划”、“技术”、“财务”，代码分别为ZH、RL、GH、JS、CW。
1.3 三级编码：根据合同签订先后顺序编流水号，在前三类的最小类范围内进行连续编号，编号代码为三位阿拉伯数字，从001自999分别连接至各二级代码之后;
1.4编号举例：
如公司签订的第一份技术服务合同，则其合同编码为： JSFW-JS-001
2.管理类合同编号方法：
2.1一级编码：部门代号。
2.2二级编码：相应编号按下列括号中汉字表示。
2.2.1.劳动合同（劳动）：包括所有劳动合同；
2.2.2.固定资产管理合同（资产）：包括固定资产（含办公用品）采购、维修、维护等合同；
2.2.3融资合同（融资）：包括借款合同或综合融资授信协议等合同；
2.2.4其他合同（其他）：包括不能归入任何项目的战略性合同、按揭合作协议、集团购买或工程款抵扣的商品房买卖合同、房屋租赁、公司设立、股权转让、委托薪金调查、培训、发布招聘广告、聘请法律顾问、商标申请代理等各种合同。
2.3三级编码：按签约年份分类，编号代码为年份的四位阿拉伯数字。
2.4四级编码：根据合同签订先后顺序编流水号，在前四级编码的最小类范围内进行连续编号，编号代码为四位阿拉伯数字，从0001自9999。
2.5编号举例：
人力资源部2004年第8份劳动合同，则编号为： RL-劳动-2004-0008
3.销售租赁类合同编号方法：
3.1一级编码：一级编号代码由“销售”二字汉字拼音的第一个声母大写字母表示。
3.2二级编码：同技术服务合同编号方法1.1。
3.3三级编码：根据销售产品的品名型号及编号表示。
