法律分析：1、合同应交由企业档案管理部门进行归档，档案管理一般为法务部门或行政部门。2、合同登记的项目应由企业的业务部门与归档部门一同汇总，共同完成登记工作。3、合同归档之前进行扫描，留存合同电子版，做到纸质文件与电子文件的统一。4、建立客户档案信息。通过签署合同得知的客户信息进行汇总，方便日后查询。5、建立客户评价系统。6、定期对合同进行汇总、整理，从不同的角度对合同进行分类、分析。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》 第十一条 用人单位未在用工的同时订立书面劳动合同，与劳动者约定的劳动报酬不明确的，新招用的劳动者的劳动报酬按照集体合同规定的标准执行；没有集体合同或者集体合同未规定的，实行同工同酬。
第十二条 劳动合同分为固定期限劳动合同、无固定期限劳动合同和以完成一定工作任务为期限的劳动合同。
一、纸质合同归档：
1、一份合同完全结束后（包括合同选商、签订、履行、变更、付款等），在做完整归档，归档全部合同过程中产生的文件。
2、合同签订后，做合同签订前文件的归档；变更、付款等后期文件，作为第二部分归档。
二、电子档案归档
目前企事业单位都有合同系统，可以通过合同系统线上进行归档。
甲方：___________________________
乙方：___________________________
根据国家有关法律规定，本着双方互惠互利，共同发展的原则，经甲方、乙方双方协商，特订立本协议，以便双方共同遵守。
一、乙方自愿将档案、资料寄存在甲方。
二、乙方寄存的档案、资料所属年度为_________到_________;档案数量为_________卷，具体见交接清单。
三、乙方的档案寄存保管期为_______年，从_______年______月______日起至_______年______月______日止。
四、乙方按标准向甲方缴付寄存费_________元后，双方办理寄存档案的交接手续。
五、寄存期内乙方因特殊情况须提前退回寄存档案的，甲方不退还寄存费。
六、寄存期满乙方如需延长寄存期，应重新签订协议。
七、因不可抗力造成寄存档案受损，甲方不承担赔偿责任。
八、甲方的义务和权利
1.负责提供寄存档案存放的场地、技术设备、管理人员。
2.负责寄存档案的保管、保护，确保档案安全。
3.负责寄存档案的管理、统计、查寻、检索。
4.拥有寄存档案的管理权，有权查验利用者的身份证明。
5.对寄存期满不取走的档案有权进行处置。
九、乙方权利义务
1.寄存档案应具有保存价值，经过整理，编目，也可委托甲方提供有偿整理编目服务。
2.应按收费标准向甲方缴纳费用。
3.查阅利用寄存的档案应出示寄存者有效证明(单位介绍信、身份证、工作证)。寄存者利用其所寄存档案不再收取档案利用费。
4.对寄存的档案拥有所有权。寄存期满，如不继续寄存须在期满后60天内取走所寄存的档案。
5.享有优先利用权，并可以对其档案中不宜向社会开放的部分提出限制利用的意见。
6.对因甲方管理不善造成虫蛀、霉变、遗失等问题，有权要求赔偿。
十、本协议执行过程如有未尽事宜，双方协商解决。
十一、本协议一式_____份;甲、乙双方各执_____份，具有同等法律效力。
甲方(盖章)：_________ 乙方(盖章)：_________
法定代表(签字)：_____ 法定代表(签字)：_____
_________年____月____日 _________年____月____日
法律分析：档案整理合同不需要缴纳印花税。印花税是对在经济活动和经济交往中书立、领受具有法律效力的凭证的行为征收的一种税。需要缴纳印花税的合同如下：购销合同、加工承揽合同、建设工程勘察设计合同、建筑安装工程承包合同、财产租赁合同、货物运输合同、仓储保管合同、借款合同、财产保险合同、技术合同等。
法律依据：《印花税暂行条例》第二条 下列凭证为应纳税凭证：（一）购销、加工承揽、建设工程承包、财产租赁、货物运输、仓储保管、借款、财产保险、技术合同或者具有合同性质的凭证；（二）产权转移书据；（三）营业帐簿；（四）权利、许可证照；（五）经财政部确定征税的其他凭证。
如何进行合同档案管理
合同的相应负责人应了解正常的合同程序，规范合同的形式，必须起到合同材料搜集的齐全并保管和移交给档案部门，从合同的特点可以清楚地知道，合同必须有全面的关联材料，不可随意拟定，应该按照标准的合同规范走，这样可以减少企业与相关主体的纠纷情况。档案部门也要随时进行合同档案的整理与归纳，确保合同的完整性。公司要制定相关的规定，每年在规定时间内进行合同的审查以避免可能发生的情况。
企业正常的档案管理，是将其分散到档案管理的两大类型当中，因此我们应该进行改革与创新，根据每一个企业的不同特点进行合同分类管理，其中包括在每一个档案分类中对合同进行单独分类，建立单独的归档处理，打破以往过于分散的合同归档，也可以按照《合同法》合同种类的相关规定进行合同归档管理，这样档案就清楚明确了。
各个部门的相关负责人对合同必须重视起来，建立合同确立意识。档案管理人员也必须要有严谨的工作态度，认知到合同是公司企业发展关键，也是企业发展的记录者。其应该对合同进行精细规划，可以对合同进行统一的编号处理，每一份合同都有自己唯一的标号，方便查找与保管。
