1、归档文件整理应遵循文件的形成规律，保持文件之间的有机联系。
文件伴随着机关、团体和社会组织的职能活动产生，有其自身的形成规律和特点。2012年印发的《党政机关公文处理工作条例》《党政机关公文格式》为机关公文办理提供了统一的规范和标准。这些规范和标准连同长期以来各机关在文件处理过程中形成的习惯做法，以及办公自动化条件下电子文件形成的特殊要求，构成了文件形成的一般规律。遵循文件的形成规律对归档文件进行整理，实际上是将整理作为文件形成的自然延续过程，能够最大限度减少个人对文件材料的人工干预，提升文件整理质量。
文件之间的有机联系是指文件在产生和处理过程中，在来源、时间、内容等方面形成的内在关联性，这种关联性既记录了文件之间及文件组件之间的互相关系，也为档案记录的完整性和有序性提供了保障。在归档文件整理中保持文件之间的有机联系，既能更好地反映机关主要工作活动的历史面貌，也便于日后的检索和利用。
2、归档文件整理应区分不同价值，便于保管和利用。
文件的价值是由它的内容及其对本机关工作的作用、对未来研究历史的作用决定的。就一个机关文件的价值而言，不是所有办理完毕的文件材料都需要整理归档，也不是所有归档文件都要永久保存。《规则》从分类开始，就将不同保管期限的文件区分开来，为针对性地开展后续工作打下了基础。
便于保管、方便利用是归档文件整理工作的重要目标。便于保管，就是通过区别文件材料的不同价值，采取不同的保管策略，以提高管理工作的效能；方便利用，就是要保持文件材料之间的有机联系，以提高归档文件的查全率和查准率。因此，便于保管和方便利用是建立在遵循文件的形成规律、保持文件之间的有机联系、区分不同价值的基础之上的，也是检验归档文件整理方法实用性的唯一标准。
3、归档文件整理应符合文档一体化管理要求，便于计算机管理或计算机辅助管理。
这是一项全新的整理原则。在信息化条件下，归档文件整理必须统筹考虑传统的纸质文件和电子文件的整理要求，避免因二者整理的基本原则、基本方法不同而带来诸多问题。解决这一问题的基本思路就是实现信息化条件下的文档一体化管理，即将公文处理与档案管理相结合，充分利用文书处理过程中形成的数据信息和工作成果。因而，合理规划归档文件整理流程，使办理完毕的文件能够直接进入整理环节，同时，尽量以文书处理环节生成的项目来组织检索条目，使归档工作更加贴近文书、业务人员的工作实际就显得尤为重要。
4、归档文件整理应保证纸质文件和电子文件整理协调统一。
在纸质文件与电子文件并行的情况下，保证二者的协调统一是目前进行归档文件整理必须面对的问题。要实现二者的协调统一，首先要统筹规划公文处理和档案管理工作，在公文处理环节前置档案管理的部分要求，在档案管理环节继续采用文书处理阶段产生的相关信息，使二者成为一个有机整体；其次要结合本单位情况，确定是以纸质文件还是以电子文件整理为主，再依次确定整理的策略和方法，保证二者整理的协调一致。
【法律依据】
《实施细则》第二条规定：2.1归档文件整理应当遵循文件的形成规律，保持文件之间的有机联系。2.2归档文件整理应当区分不同价值，便于保管和利用。2.3归档文件整理应当符合文档一体化管理要求，便于计算机管理或计算机辅助管理。所使用的档案管理系统应当符合国家档案局有关档案管理系统软件功能要求及江苏省有关地方标准规范要求。2.4归档文件整理应当保证纸质文件和电子文件整理协调统一。
公文处理程序与方法：包括收文办理、发文办理和整理归档。公文处理工作应当坚持实事求是、准确规范、精简高效、安全保密的原则。
（一）收文处理程序与方法
收文处理的一般过程
1、签收。对收到的公文应当逐件清点，核对无误后签字或者盖章，并注明签收时间。
2、登记。对公文的主要信息和办理情况应当详细记载。
3、初审。对收到的公文应当进行初审。初审的重点是：是否应当由本机关办理，是否符合行文规则，文种、格式是否符合要求，涉及其他地区或者部门职权范围内的事项是否已经协商、会签，是否符合公文起草的其他要求。经初审不符合规定的公文，应当及时退回来文单位并说明理由。
4、承办。阅知性公文应当根据公文内容、要求和工作需要确定范围后分送。批办性公文应当提出拟办意见报本机关负责人批示或者转有关部门办理；需要两个以上部门办理的，应当明确主办部门。紧急公文应当明确办理时限。承办部门对交办的`公文应当及时办理，有明确办理时限要求的应当在规定时限内办理完毕。
5、传阅。根据领导批示和工作需要将公文及时送传阅对象阅知或者批示。办理公文传阅应当随时掌握公文去向，不得漏传、误传、延误。
6、催办。及时了解掌握公文的办理进展情况，督促承办部门按期办结。紧急公文或者重要公文应当由专人负责催办。
7、答复。公文的办理结果应当及时答复来文单位，并根据需要告知相关单位。
（二）发文处理程序与方法
发文处理的一般过程
1。复核。已经发文机关负责人签批的公文，印发前应当对公文的审批手续、内容、文种、格式等进行复核；需作实质性修改的，应当报原签批人复审。
2。登记。对复核后的公文，应当确定发文字号、分送范围和印制份数并详细记载。
3。印制。公文印制必须确保质量和时效。涉密公文应当在符合保密要求的场所印制。
4。核发。公文印制完毕，应当对公文的文字、格式和印刷质量进行检查后分发。
（三）公文的整理和归档
1。涉密公文应当通过机要交通、邮政机要通信、城市机要文件交换站或者收发件机关机要收发人员进行传递，通过密码电报或者符合国家保密规定的计算机信息系统进行传输。
2。需要归档的公文及有关材料，应当根据有关档案法律法规以及机关档案管理规定，及时收集齐全、整理归档。两个以上机关联合办理的公文，原件由主办机关归档，相关机关保存复制件。机关负责人兼任其他机关职务的，在履行所兼职务过程中形成的公文，由其兼职机关归档。
法律分析：根据我国相关法律的规定，在公文办理完毕后，应当及时整理（立卷）、归档。
法律依据：《国家行政机关公文处理办法》 第三十八条 公文办理完毕后，应当根据《中华人民共和国档案法》和其他有关规定，及时整理（立卷）、归档。
个人不得保存应当归档的公文。
第一条 为了加强对电子公文的归档管理，有效维护电子公文的真实性、完整性、安全性和可识别性，根据《中华人民共和国档案法》、《中华人民共和国档案法实施办法》和《国家行政机关公文处理办法》，制定本办法。第二条 本办法所称的电子公文，是指各地区、各部门通过由国务院办公厅统一配置的电子公文传输系统处理后形成的具有规范格式的公文的电子数据。第三条 电子公文形成单位应指定有关部门或专人负责本单位的电子公文归档工作，将电子公文的收集、整理、归档、保管、利用纳入机关文书处理程序和相关人员的岗位责任。
机关档案部门应参与和指导电子公文的形成、办理、收集和归档等各工作环节。第四条 副省级以上档案行政管理部门负责对电子公文的归档管理工作进行监督和指导。
电子公文的真实性、完整性、安全性和可识别性，移交前由形成部门负责，移交后由档案部门负责。第五条 电子公文参照国家有关纸质文件的归档范围进行归档并划定保管期限。第六条 电子公文一般应在办理完毕后即时向机关档案部门归档。第七条 符合国家有关规定要求的电子公文可以仅以电子形式归档。电子公文归档应当符合电子文件归档和电子档案管理的要求。第八条 需要永久和长期保存的电子公文，应在每一个存储载体中同时存有相应的符合规范要求的机读目录。第九条 电子公文的收发登记表、机读目录、相关软件、其他说明等应与相对应的电子公文一同归档保存。第十条 电子公文的归档应在“全国政府系统办公业务资源网电子邮件系统”平台上进行，各电子公文形成单位档案部门应配置足够容量和处理能力及相对安全的系统设备。第十一条 电子公文形成单位应在运行电子公文处理系统的硬件环境中设置足够容量、安全的暂存存储器，存放处理完毕应归档保存的电子公文，以保证归档电子公文的完整、安全。第十二条 电子公文形成单位应在电子公文处理系统中设置符合安全要求的操作日志，随时自动记录对电子公文实时操作的人员、时间、设备、项目、内容等，以保证归档电子公文的真实性。第十三条 电子公文形成单位应在电子公文归档时按照国家有关要求对其真实性、完整性、可用性和安全性进行检查。第十四条 归档电子公文的移交形式可以是交接双方之间进行存储载体传递或通过电子公文传输系统从网上交接。第十五条 通过存储载体进行交接的归档电子公文，移交与接收部门均应对其载体和技术环境进行检验，确保载体清洁、无划痕、无病毒等。第十六条 归档电子公文应存储到符合保管要求的脱机载体上。归档保存的电子公文一般不加密，必须加密归档的电子公文应与其解密软件和说明文件一同归档。第十七条 归档的电子公文，应按本单位档案分类方案进行分类、整理，并拷贝至耐久性好的载体上，一式3套，一套封存保管，一套异地保管，一套提供利用。第十八条 档案部门应加强对归档电子公文的管理，提供利用有密级要求的归档电子公文，应严格遵守国家有关保密的规定，采用联网的方式提供利用的，应采取稳妥的身份认定、权限控制及在存有电子公文的设备上加装防火墙等安全保密措施。第十九条 超过保管期限的归档电子公文的鉴定和销毁，按照归档纸质文件的有关规定执行。对确认销毁的电子公文可以进行逻辑或物理删除，并应由档案部门列出销毁文件目录存档备查。第二十条 其他类型电子公文的归档管理可参照本办法。第二十一条 本办法未尽事宜，参照国家其他有关电子文件的标准和规定。第二十二条 本办法由国家档案局负责解释。第二十三条 本办法自2003年9月1日起施行。
公文归档要求：根据《国务院关于发布国家行政机关公文处理办法的通知》规定，公文办理完毕后，应当根据《中华人民共和国档案法》和其他有关规定，及时整理（立卷)、归挡。个人不得保存应当归档的公文。归档范围内的公文，应当根据其相互联系、特征和保存价值等整理（立卷)，要保证归档公文的齐全、完整，能正确反映本机关的主要工作情况，便于保管和利用。联合办理的公文，原件由主办机关整理（立卷)、归档，其他机关保存复制件或其他形式的公文副本。本机关负责人兼任其他机关职务，在履行所兼职务职责过程中形成的公文，由其兼职机关整理（立卷)归档。归档范围内的公文应当确定保管期限，按照有关规定定期向档案部门移交。
拟制备修改和签批公文，书写及所用纸张和字迹材料必须符合存挡要求。公文管理要求:根据《国务院关于发布国家行政机关公文处理办法的通知》规定，公文由文秘部门或专职人员统一收发、审核、用印、归档和销毁。文秘部门应当建立健全本机关公文处理的有关制度。上级机关的公文，除绝密级和注明不准翻印的以外，下一级机关经负责人或者办公厅（室）主任批准，可以翻印。翻印时，应当注明翻印的机关、日期、份数和印发范围。公开发布行政机关公文，:必须经发文机关批准。经批准公开发布的公文，同发文机关正式印发的公文具有同等效力。公文复印件作为正式公文使用时，应当加盖复印机关证明章。
