档案整理的方法有两种：
一是以“案卷”为单位整理。
二是以“件”为单位整理。以“案卷”为单位整理就是立卷，即按照文件材料在形成和处理过程中的联系将其组合为案卷。所谓案卷，就是一组密切联系的文件的组合体。立卷是一个分类、组合、编目的过程。分类即按照立档单位的档案分类方案，对文件材料进行实体分类；组合即将经过分类的文件材料，按一定形式组合起来；编目即将经过组合以后的文件材料，进行系统排列和编目。
以“案卷”为单位整理的档案，其基本保管单位是案卷。案卷卷皮有软卷皮和硬卷皮2种，硬卷皮型号有1.2，1.5，2.0cm三个规格，以软卷皮装订的档案必须按案卷顺序装入档案盒，以案卷为单位整理文书材料时应当符合《文书档案案卷格式》（GB/T9105-88）的规定。以“件”为单位整理就是按照文件材料形成和处理的基本单位进行整理。一般来讲，一份文书材料、一张图纸或照片、一盘录音带或录像带、一本表册或证书、一面锦旗、一个奖杯等均为一件。
文书材料的正本与定稿作为一件，正文与文件处理单为一件（处理单包括：收文处理单、拟办单、发文稿头纸及领导批示的签批条等），转发件与被转发件为一件，正文与附件作为一件，原件与复制件为一件，报表、名册、图册、刊物等每册为一件，来文与复文及其他相关文件可为一件。以“件”为单位整理的档案，其基本保管单位是件。以“件”为单位整理的档案最后要装入档案盒内。
如何整理档案资料
包括：区分全宗、全宗内档案分类、、案卷封面编目、案卷目录编制。
具体内容：
(1)会计凭证类：反映资金牧付业务的原始凭证、记账凭证、汇总凭证及其他出纳凭证。
(2)财务报告类：包括月度、季度、年度的出纳报告、附注及文字说明，银行存款对账单应银行存款余额调节表，其他出纳报告。
(3)会计账簿类：现金日记账、银行存款日记账、其他货币资金明细账、辅助账簿及其他备查薄[1]。
(4)其他类：作为收付依据的合同、协议及其他文件;按规定应单独存放保管的重要票证单据，如作废的支票、作废的发票存根联与发票、作废的收据存根联与收据;出纳盘点表和出纳考核报告等。
(5)档案管理类：出纳档案移交清册、出纳档案保管清册以及出纳档案销毁清册。出纳人员对档案进行整理时，一般包括分类、装订和成册三个步骤。
如何整理档案
法律分析：
1、首先，准备整理档案的工具和材料，工具如图，材料主要有履历材料、教育培训情况、工作经历材料、奖惩材料。具体材料，各个公司要求不同，这里就不再赘述。
2、审核要入档的材料，并按如下流程整理材料。
3、第三步，将要入档的材料规整好，编上页码，然后靠右打孔。如果材料右边有文字可用空白纸为他粘上边，再打孔。
4、第四步，装入档案盒。将要入档的材料用分类角分类，并按照不同的类别规整转入档案盒。
5、第五步，为档案材料建立目录。目录可分大类和小类，并写好每份材料的页码。
6、档案要定期增加材料。如每年的绩效考核记录、奖惩记录、教育培训情况等等。
7、档案要存入独立且安全性好的房间，并委派专人管理。
法律依据：
《中华人民共和国会计档案管理办法》第六条下列会计资料应当进行归档：
（一）会计凭证，包括原始凭证、记账凭证；
（二）会计账簿，包括总账、明细账、日记账、固定资产卡片及其他辅助性账簿；
（三）财务会计报告，包括月度、季度、半年度、年度财务会计报告；
（四）其他会计资料，包括银行存款余额调节表、银行对账单、纳税申报表、会计档案移交清册、会计档案保管清册、会计档案销毁清册、会计档案鉴定意见书及其他具有保存价值的会计资料。
出纳档案整理的方法有哪些？
(1)分类。出纳档案应按经济业务的性质和本单位的财务管理要求进行分类，一般应与本单位的会计分类相一致，兼属档案装订和使用的需要。在对档案进行分类时，应当对一些无效或不需用的单据进行删除。
(2)装订。由于原始凭证大多零落散乱，容易遗失，所以出纳人员在对档案归类后应加以装订，以保证会计资料不易散落遗失。
在装订时，应当注意档案厚度以便于使用;使用活页账或卡片账的，在归档时应加以装订并编齐页码，对不宜装订的应当连号存装，防止散落;对于采用财务软件记账的单位，其打印出的纸质会计档案必须装订编号;对于具备采用磁带、磁盘、光盘、微缩胶片等磁性介质保存会计档案条件的，由国务院业务主管部门统一规定，并报财政部、国家档案局备案，保管时采用连号编排，保存在特定的档案盒中。
(3)成册。时于装订完毕的出纳资料，应当立卷成册，启用封面或库页，甩以记录每册的编号、所属单位、所属时期及页教、经办人员等详细内容，并加盖单位公章和经办人员私章。在保管上有特殊要求的，可以加盖骑缝章或加贴封条。
需要强调的是，出纳账簿在更换新账簿后，应将旧账归入出纳档案。移交归档前应对旧账进行整理，对编号、扉页内容、目录等项目填写不全的，应按照有关要求填写齐全;使用活页式(如用计算机记账的单位，账簿资料输出裁剪后类似活页账)或卡片式辅助账的单位，对于活页式或卡片式账，在归档时必须缩齐页码，加以装订，并要像订本账一样加上扉页，注明单位名称、所属时期、共计页数和记账人员签单等，并加盖公章。
